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通過集菌儀的定向蠕動加壓作用，實施正壓過濾器并在濾器內進行培養，以檢驗供試品是否含菌，通過進樣管道連續被注入集菌培養器中，利用集菌培養器內形成的下壓，通過微孔濾膜過濾，供試品中 可能存在的微生物被截留收集在濾膜上，通過沖洗濾膜除去供試品的抑菌成分，然后把所需培養基通過進樣管道直接注入集菌培養器中，放置規定的溫度培養，觀察是否有長菌現象。
   凈化室集菌儀適用于注射無菌制劑、抗生素類及含有抑菌成分的藥品、滅菌醫療器具的無菌檢查；制備無菌無微粒制劑及食品、化妝品等微生物檢測領域。 
   操作說明：
   1.取出培養器先檢查包裝是否完好無損，在無菌室內打開塑料包裝袋。
   2.將培養器逐個插放在不銹鋼座上。
   3.將凈化室集菌儀的彈性軟管裝入智能集菌儀泵頭，要求定位準確，軟管走勢順暢。    
   4.打開待檢樣品的瓶蓋插針孔并消毒之，（若檢測安瓿樣品，先將安瓿頸部消毒，然后打開并將安瓿）樣品瓶定位。 
   5.拔去進樣雙芯針管之護套，插入樣品瓶中，開啟集菌儀，實施過濾集菌（應避免雙芯針管進氣，濾膜被藥液浸濕，影響進氣）。
   6.完成集菌后，若樣品含抑菌物質，按藥典 規范要求適當用沖洗液清洗，清洗方法與集菌過程相同。
   用戶設定的參數可以在突然停電的情況下自動儲存，并在通電后運行原設定程序。凈化室集菌儀采用微電腦控制頻率，帶有定時功能，溫和振蕩啟動功能，可以防止器皿內的樣品濺溢，并且可以避免設備意外啟動和 停止，設計轉速監測電路，當監測到轉速過快和過慢時能停止振蕩，保證搖瓶機安全運行不發生故障。凈化室集菌儀連續運行保證，低散熱無碳刷直流電機，啟動轉矩大，調速寬、免保養、突破現有國產搖瓶機無 法長時間連續運行的缺陷。